В 2012 году Японию наводнили Мю — человекоподобные существа с голубой кровью, пришедшие из иного измерения.
В 2015 году захватчики атакуют Токио, но отступают под натиском гуманоидного оружия под названием «долем».
Во время всей этой неразберихи Аято Камина встречает свою одноклассницу Рэйку Мисиму. В тот же самый день его атакуют люди правительства, но на помощь приходит женщина по имени Харука Сито и сообщает ему, что её послала организация «TERRA», и что Токио был запечатан во временном разрыве, где время бежит лишь с третьей частью той скорости, с какой оно бежит во всём остальном мире. Он скрывается от Харуки и запрыгивает на поезд, где снова встречает Рэйку. Прибыв в Зал Ра, он следует за ней к ужасающих размеров яйцу, из которого вылупился долем Ра-Зефон (англ. RahXephon). Неожиданно появляется мать Аято на вершине долема, остановившего вторжение «TERRA». В битве мать Аято получила ранение, и, увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой убегают прочь...